Bệnh viện có chức năng tiếp nhận khám, chẩn đoán, điều trị có hiệu quả mọi bệnh lý ung thư; Thực hiện công tác dự phòng bệnh ung thư cho nhân dân tỉnh Nghệ An và khu vực Bắc Trung Bộ; Triển khai các chương trình nghiên cứu khoa học – công nghệ và tham gia công tác đào tạo nguồn nhân lực chuyên ngành ung thư cho khu vực này.
Bệnh viện có 26 khoa phòng và 1 trung tâm gồm: Khoa Nội Lồng ngực, Khoa Nội tiêu hóa, Khoa Nội đầu mặt cổ, Khoa Nội vú phụ khoa, Khoa Khám bệnh, Khoa Ngoại đầu mặt cổ, Khoa bệnh máu ghép tủy, Khoa Cấp cứu – Hồi sức tích cực, Khoa điều trị giảm nhẹ, Khoa ngoại chung, Khoa Phẫu thuật – Gây mê hồi sức, Khoa Dinh dưỡng, Khoa Ngoại Vú phụ khoa, Khoa Y học hạt nhân, Khoa chẩn đoán hình ảnh, Khoa dược – hóa chất, Khoa Giải phẫu bệnh, Khoa xét nghiệm, Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn, Khoa Nội soi – Thăm dò chức năng.
